一般纳税人与小规模纳税人的计税方法不同，使得这两类纳税人的增值额相同而增值税税负不同。
计税方法。一般纳税人采用购进扣税法，按17%的税率计税，基本计算公式为：
当期应纳税额 = 当期销项税额-当期进项税额
=销售额×税率 -购进额×税率
=(销售额-购进额)×税率
=增值额×税率
=销售额×增值率×税率
增值率 =(销售额 -购进额)÷销售额
这里的增值率相当商业企业的销售毛利率。
而商业企业小规模纳税人不按一般纳税人的规定计算应纳税额，而是按照简易办法计算纳税，即：对其销售货物或应税劳务，以其销售额乘以3%的征收率计算应纳税额，不得抵扣进项税额，基本计算公式为：
应纳税额 =销售额×征收率。
小规模纳税人的税负明显高于一般纳税人。小规模纳税人与一般纳税人发生相同的购销业务，前者增值税税负重。假设某企业从一般纳税人处购入存货，不含税价为R，适用17%的税率，以含税价Rt销售。
如果该企业属于一般纳税人，那么：
其不含税销售价为:Rt/(1+17%)，
进销差价为：[Rt/(1+17%)]-R，
销售毛利率 ={[Rt/(1+17%)]-R}/[Rt/(1+17%)]
如果该企业属于小规模纳税人，进项税额不准抵扣，那么：
其进价为：R(1+17%)，因为不能抵扣进项税额，按有关会计制度规定，进项税额计入所购货物的成本。
不含税销售价为：Rt/(1+3%)，
进销差价为：[Rt/(1+3%)]-[R(1+17%)]，
销售毛利率 ={[Rt/(1+3%)]-[R(1+17%)]}/[Rt/(1+3%)]
发生同样购销业务，小规模纳税人的销售毛利率比一般纳税人低：
其增值税税负相对较重。特别是随着目前国内买方市场的出现，平均利润率降低，一般纳税人的税负可以随着增值率的下降而降低，而小规模纳税人的征收率是固定不变的，与其利润率的升降无关，导致两类纳税人的税负差异加大。
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