深圳网上注册公司流程如下：
第一步、注册网上注册系统数字证书用户。
申请人登陆深圳市市场和质量监管委官网的网上注册系统；凭数字证书在网上注册系统中数字证书模块登陆，填写用户的基础信息，发送到数字证书发证机构进行验证，验证一致的方可注册用户。
第二步、选定字号并在网上填报名称预先核准信息，下载/打印《网上名称申请信息接收单》。
申请人登陆深圳市市场和质量监管委官网的网上注册系统；网上选定字号(商号)并填报名称预先申请信息，提交申请；打印《网上名称申请信息接收单》。(上网助手、珊瑚虫等浏览器控件可能会阻止一些正常窗口弹出，请卸载或屏蔽此类控件。下同)
第三步、网上查询名称审核结果，打印名称证。
申请人按《网上名称申请信息接收单》提示的日期在网上注册系统查询审核结果。名称申请被核准的，打印《名称核准通知书》(统称：名称证)和《企业名称核准申请书》；名称申请被驳回的，申请人可按登记机关提示意见修改申请信息，修改后再次提交申请。
第四步、网上填报设立申请信息，下载/打印《网上设立申请信息接收单》。
申请人获得《名称预先核准通知书》并备齐公司设立登记申请材料后，登陆网上注册系统，填报设立登记申请信息，提交申请；打印《网上设立申请信息接收单》。
第五步、网上预约。
申请人成功提交申请的，申请人预约递交书式材料的注册大厅和具体时间，下载/打印《预约凭证》，凭《预约凭证》和预约短信，带齐书式材料到注册大厅窗口办理。
第六步、领照。
申请人凭登记受理回执到登记机关领取营业执照或者相关登记决定文件。
(企业变更(备案)、注销登记网上注册流程参照上述步骤办理)
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